Στο ιστορικό της μονής αναφέρεται ότι επί τουρκοκρατίας καταστράφηκε πολλές φορές. Η τελευταία όμως καταστροφή, που μετέβαλε τα κτίρια σε σωρούς ερειπίων, έγινε το 1944 μ.Χ. από τους γερμανούς. Μετά την καταστροφή των κτισμάτων, ένας αξιωματικός θέλησε να κάψει και την εκκλησία. Προσπάθησε πολλές φορές, αλλά χωρίς αποτέλεσμα. Ενώ λοιπόν στεκόταν άπ' έξω κι
έδινε διαταγές, τιμωρήθηκε παραδειγματικά από το χέρι της Παναγίας. Μια αόρατη δύναμη τον έριξε με ορμή πάνω στο πλακόστρωτο. Το χτύπημα ήταν δυνατό, και ο γερμανός ανίκανος να σηκωθεί. Τον σήκωσαν οι στρατιώτες και τον έβαλαν πάνω σε ζώο για να τον μεταφέρουν στο Αγρίνιο. Έτσι ο Nαός παρέμεινε αβλαβής, όπως διαφυλάχθηκε ακέραιος δια μέσου των αιώνων.
Πέρασαν τέσσερα χρόνια. Ο εμφίλιος πόλεμος τώρα μαίνεται στην Eλληνική ύπαιθρο. Οι κάτοικοι της Ευρυτανίας και ορεινής Ναυπακτίας εγκαταλείπουν τα χωριά τους και προσφευγουν για ασφάλεια σε άλλα μέρη της Ελλάδος. Μαζί τους προσφεύγει και η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας. Ακολουθεί κι αυτή την τύχη των παιδιών της και μεταφέρεται από τους μοναχούς του Προύσου στη ακρόπολη της Ναυπάκτου. Το μοναστήρι παραμένει τελείως έρημο.
Ύστερα από καιρό αρχίζουν οι επιχειρήσεις του στρατού. Η ενάτη μεραρχία αναλαμβάνει εκκαθαριστικές επιχειρήσεις στην Ευρυτανία. Μερικά τμήματα περνούν από τον Προυσό. Ορισμένοι αξιωματικοί και στρατιώτες πλησιάζουν στη σκοτεινή εκκλησούλα της σπηλιάς και μπαίνουν για να προσκυνήσουν. Εκεί μέσα αντικρίζουν ένα παράδοξο θέαμα: Μπροστά το τέμπλο, στ' αριστερά της ωραίας πύλης, να αναμμένο καντήλι και μια καλόγρια γονατιστή. Οι στρατιώτες απορούν. Πως ζει αυτή η μοναχή εδώ,τι στιγμή που η Ευρυτανία είναι τελείως έρημη από κατοίκους; Πως συντηρείται, τι τρώει, που βρίσκει λάδι για το καντήλι; Την ερωτούν λοιπόν, κι εκείνη σεμνά και πονεμένα τους απαντά: «Παιδιά μου, ζω εδώ μοναχή μου δυόμισι τώρα χρόνια. Για τη δική μου ζωή δεν χρειάζονται φαγητό και ψωμί. Μου αρκεί ότι έχω το καντήλι μου αναμμένο». Οι στρατιώτες, κουρασμένοι από τις επιχειρήσεις και βιαστικοί να φύγουν, δεν έδωσαν προσοχή στα λόγια της.
Την επομένη όμως, όταν τα έφεραν πάλι στη μνήμη τους, κατάλαβαν πως επρόκειτο νια κάτι θαυμαστό. Κι όταν αργότερα περνούσαν από τη Ναύπακτο, ζήτησαν με επιμονή άδεια από τον διοικητή τους νια να επισκεφθούν τον μητροπολίτη. Ο επίσκοπος Ναυπακτίας και Ευρυτανίας Χριστόφορος τους υποδέχθηκε με αγάπη, κι αφού τους άκουσε συγκινημένος, έριξε φως στο μυστήριο. «Ο ναός, τους είπε, που επισκεφθήκατε, ανήκει στην έρημη τώρα ιερά μονή Προυσιώτισσας, της οποίας η θαυματουργή εικόνα βρίσκεται πάνω από δύο χρόνια εδώ, στο παρεκκλήσι της μητροπόλεως μας, στον άγιο Διονύσιο. Πηγαίνετε να την προσκυνήσετε, και θα καταλάβετε».
Πήγαν πράγματι και προσκύνησαν. Τότε αυθόρμητα στον καθένα δόθηκε η εξήγηση στην απορία του: Στην εικόνα της Θεομήτορος αναγνώρισαν τη μοναχή εκείνη που συνάντησαν στο εκκλησάκι της σπηλιάς, ψηλά στον Προυσό!
Ἀπολυτίκιον
Ήχος α'.
Της Ελλάδος απάσης συ προΐστασαι πρόμαχος και τερατουργός εξαισίων τη εκ Προύσσης εικόνι Σου, Πανάχραντε Παρθένε Μαριάμ, και γαρ φωτίζεις εν τάχει τους τυφλούς δεινούς τε απελαύνεις δαίμονας και παραλύτους δε συσφίγγεις αγαθή. Κρημνών τε σώζεις και πάσης βλάβης τους σοι προστρέχοντας. Δόξα τω σω ασπόρω τοκετώ, δοξα τω σε θαυμαστώσαντι, δόξα το ενεργούντι δια σου τοιαύτα θαύματα.
Μεγαλυνάριον
Δεύτε την εικόνα την ιερά, της Προυσιωτίσσης, ασπαζόμεθα ευλαβώς, βρύουσαν παντοίων νόσων και πάσης βλάβης, ρώσιν δαψιλεστάτην και χάρην άφθονον.
Ἕτερον Μεγαλυνάριον
Σφαίρας ουρανίους φωταγωγείς, αχράντω οικήσει την υδρόγειον δε βολαις, αρρήτων θαυμάτων, αυγάζεις όθεν πίστει, πάντες σε προσκυνούμεν ω Προυσιώτισσα.>>
